U narednim godinama, plamen Drugog svetskog rata zapalio je i Teslinu domovinu. U tom razdoblju, potoci krvi su potekli, a najveću cenu platili su njegovi sunarodnici u okviru Nezavisne Države Hrvatske (NDH), koja je zvanično formirana 10. aprila 1941. godine. Od samog osnivanja ustaške države, pokrenut je pogrom i pokolj srpskog naroda, koji nije zaobišao ni Teslinu rodnu Liku. Srbi su masakrirani na najsvirepije načine.
Ustaška postaja u Smiljanu formirana je odmah po osnivanju NDH, a na njenom čelu nalazio se Ivica Šarić. Pokolj Srba u ovom kraju započeo je na Svetog Iliju 1941. godine i trajao nekoliko dana, zalivajući Smiljan srpskom krvlju. Tokom Drugog svetskog rata, opština Smiljan je izgubila 572 meštana, od kojih je 560 ubijeno od strane ustaša. Načini likvidacije bili su različiti – klanje, bacanje u vatru, vešanje, a među stradalima bilo je i 146 dece, 178 žena i 236 muškaraca. Oni koji su izbegli stradanje 1941. godine, njih oko trideset, ustaše su povešale na bandere 5. marta 1945. godine.
U cilju obezglavljivanja srpskog naroda, prvo su hapšeni, mučeni i ubijani najugledniji pojedinci poput lekara, pravnika i sveštenika. Među prvim žrtvama bio je smiljanski prota Mateja Stijačić, bliski prijatelj Nikole Tesle, koji je uhapšen dva dana nakon osnivanja NDH i odveden u logor Jadovno, gde je bačen u Šaranovu jamu. Slično sudbinu imao je i njegov sin Slavo, koji je ubijen pred očima sestre.
Na Vidovdan 1941. godine, po naređenju velikog župana Viktora Kvaternika, porušen je pravoslavni hram u Bihaću, a njegovo zvono je preneto u katoličku crkvu. Ovaj događaj svedoči o sistematskom uništavanju srpske kulture i religije u NDH. Pokolj Srba u ovom regionu bio je sintetička akcija, podržana od strane mnogih.
U to vreme, Tesla je bio malo u kontaktu sa spoljnim svetom, ali je bio svestan stradanja svog naroda. U njegovoj zaostavštini pronađena je poruka upućena Srpskom narodnom savezu u Pitsburgu, gde se izrazito negativno osvrće na ustaške vođe, dok se pohvalno izražava o kralju Petru II i knezu Pavlu. U drugoj poruci, Tesla traži da se njegovi pronalasci iskoriste za uništavanje neprijatelja.
Tokom 1941. godine, NDH je formirala sistem logora Gospić-Jadovno-Pag, gde su, po nepotpunim podacima, pobijena 40.123 lica, većinom Srba. Ovaj sistem logora bio je brutalno mesto gde su se vršila masovna ubistva.
Tesla je do smrti ostao poštovalac kraljevskog doma Karađorđević. Njegov bliski prijatelj, dr Paja Radosavljević, svedoči o njegovom divljenju prema borbi srpskog naroda. Američki list Time objavio je portret Draže Mihailovića, a u Holivudu su snimani filmovi o četnicima, što je dodatno pojačalo Teslinu podršku otporu.
U aprilu 1942. godine, Tesla je uputio javno pismo „Mojoj braći u Americi“, u kojem se osvrće na borbu srpskog naroda protiv Hitlera. Njegove reči oslikavaju moralnu snagu srpskog naroda i njihovu hrabrost u teškim vremenima.
Krajem 1941. godine, njegov sestrić Sava Kosanović, koji se opredelio za Tita, pokušao je da odvrati Teslu od prosrpskog stava. Ovaj sukob između srpskih i hrvatskih kadrova u diplomatskim predstavništvima dodatno je otežavao situaciju i prikrivao razmere ustaških zločina.
Iz svega ovoga, jasno je da su događaji u Teslinoj rodnoj Lici odražavali šire zloćudne planove NDH prema srpskom narodu. Tesla, iako daleko, bio je duboko pogođen sudbinom svog naroda i nastojao je da se bori protiv nepravde na svoj način. Njegova zaostavština svedoči o njegovom humanizmu i borbi za pravdu, koju je nosio u srcu do kraja svog života.
