Pripadnici zemunskog klana mesecima su pripremali atentat na premijera Srbije Zorana Đinđića, a izvršen je kobnog 12. marta 2003. godine, kada su ispaljeni smrtonosni hici. Na suđenju za ubistvo Đinđića, Zvezdan Jovanović, zamenik komandanta Jedinice za specijalne operacije (JSO), osuđen je za izvršenje atentata. Na internetu i dalje postoji snimak na kojem Jovanović pokazuje kako je vežbao snajpersko gađanje kao deo priprema za atentat.
Na snimku se može čuti kako policajka postavlja pitanja Jovanoviću o mestu gde je vežbao gađanje. On je odgovorio da ne zna tačno gde se to dogodilo, ali da je verovatno pucao u tom području. Policajci su zatim doneli papir kroz koji je prošao metak, a Jovanović je pokazao papirne mete sa asfalta. Takođe je otkrio da je sa njim bio i Mile Luković, i da je korišćena municija kalibra 38 mm.
Kada je sudija upitao Jovanovića da li je premijer ubijen tom puškom, on se samo nasmejao. Odbrana je pokušavala da spreči da snimak bude uvršten u dokaze, dok je tužilaštvo želelo da ga predstavi kao ključni dokaz u postupku.
Zoran Đinđić je ubijen 12. marta 2003. godine u 12:25 ispred ulaza broj 5 zgrade Vlade Srbije. Prema zvaničnoj istrazi, atentat je izvršen iz kancelarije na drugom spratu zgrade Zavoda za fotogrametriju. U trenutku ubistva, pored Jovanovića su bili i Aleksandar Simović i Ninoslav Konstantinović, dok su se u automobilu ispred zgrade nalazili Sretko Kaličić i Mile Luković.
Vozač atentatora, Zvezdan Jovanović, bio je Vladimir Milisavljević, poznat kao „Budala“, koji je čekao u „folksvagen pasatu“. Milan Jurišić je čuvao parking ispred zgrade, dok je Miloš Simović davao podatke o kretanju Đinđića. Ove informacije su dolazile od Branislava Bezarevića, pripadnika tadašnje Službe državne bezbednosti.
Dušan Krsmanović bio je parkiran u blizini raskrsnice Nemanjine ulice i Ulice kneza Miloša, odakle je izveštavao o dolasku kolone automobila u kojoj se nalazio premijer. Tog dana, Đinđić je planirao da prisustvuje sednici Saveta za borbu protiv korupcije i sastanku sa ministarkom spoljnih poslova Švedske, Anom Lind.
Iako je prvobitno nameravao da ostane kod kuće zbog bolova u nozi, Đinđić je odlučio da dođe u zgradu Vlade. Ušao je u kolonu od tri vozila koja se kretala ulicama Beograda prema zgradi Vlade. Osoblje obezbeđenja, među kojima su bili Srđan Babić, Aleksandar Bjelić i Milan Veruović, pomagalo je Đinđiću da izađe iz vozila koristeći štake.
U trenutku kada je snajperista Zvezdan Jovanović pucao iz puške „hekler i koh G3“ sa udaljenosti od oko 130 metara, Đinđić je bio pogođen. Prvi metak pogodio ga je u grudi, dok je drugi pogodio Veruovića u stomak, a zatim eksplodirao i ranio Đinđića u predelu desne butine.
Zoran Đinđić sahranjen je 15. marta 2003. godine u Aleji zaslužnih građana na Novom groblju u Beogradu, uz najviše državne počasti. Opelo je obavljeno u Hramu Svetog Save, a trasa pogrebne litije bila je posuta cvećem. Sahrani su prisustvovali brojni članovi porodica, funkcioneri, diplomatski predstavnici, kao i mnogi građani. Prema procenama, oko 500.000 ljudi došlo je da oda počast Đinđiću.
Ovaj tragičan događaj ostavio je snažan utisak na srpsko društvo i politiku, a Đinđić se i danas pamti kao ključna figura u modernizaciji Srbije i borbi protiv korupcije. Njegovo ubistvo označilo je mračan trenutak u istoriji zemlje, a istraga o atentatu i dalje izaziva različite reakcije i spekulacije u javnosti.
